とりあえず,直接 pkg コマンドで GlassFish のアップデートを実行したらうまくいった.(既存環境でやって,一度失敗してるので,壊したくない人はやめといた方が無難かも.)
$ cd /Applications/NetBeans/glassfish-3.0.1/bin/
$ sudo ./pkg image-update
$ ./asadmin start-domain --upgrade
$ ./asadmin start-domain
$ ./asadmin stop-domain
ここまでやっとくと,とりあえず最新版になって,NetBeans 6.9.1 からも正常に起動できるっぽい.
蛇足だけど,GlassFish の日本語メッセージの文字コードは,Shift JIS みたいだからターミナルの設定変えて実行すると良い.
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